Animais silvestres são conhecidos por serem reservatórios de agentes bacterianos e fúngicos de importância zoonótica e que causam enfermidades em animais imunossuprimidos. A microbiota de répteis é composta por sorovares incomuns de Salmonella que podem ser transmitidos para humanos e outros animais por contato direto e indireto. Os casos de salmonelose humana são graves, podendo levar o indivíduo ao óbito, o que afeta a saúde pública de diversos países. Já as aves silvestres se destacam pela presença de fungos em seu trato gastrointestinal e pele que estão associados a alta morbidade e mortalidade nesses animais e podem ser igualmente transmitidos ao homem. A candidíase, a aspergilose e a megabacteriose estão cada vez mais presentes na rotina clínica de aves. Portanto, seu conhecimento é importante para evitar possíveis erros de diagnóstico e estabelecer protocolos de tratamento. Esse trabalho teve como objetivo realizar um levantamento bibliográfico sobre a presença de Salmonella em répteis e descrever as principais doenças fúngicas em aves. Dessa maneira, espera-se reunir informações e elucidar o papel dessas doenças na saúde de animais silvestres e do homem.