Sin poder borrar de su memoria los recuerdos de la muerte de Madoka, Homura Akemi continúa luchando solitariamente en el nuevo mundo que se ha generado. Y sus sentimientos dan lugar a una nueva historia? Madoka Kaname, la chica que alguna vez fue el pilar para la ley de los ciclos, y Sayaka Miki, la chica que alguna vez perdió su vida cuando se agotó su poder mágico; ambas aparecen frente a Homura. ¿Cuál es el significado de la aparición de dos chicas que se supone que no deberían existir más? ¿Acaso Nagisa Momoe, la nuevaEncuadernación: Rústica Puella Magi de rostro inseguro, tendrá la verdad al respecto? ¿Y qué es ese nuevo enemigo que atenta contra el orden de Dios y amenaza al mundo?