El período de la historia de la UNI, 1955-1983, puede ser dividido grosso modo en tres etapas claramente diferenciadas. Entre 1955 y 1960, la institución se dedica, en lo fundamental, a organizarse como universidad sin perder su antigua condición de centro de formación - más que de investigación e innovación - funcional al modelo de desarrollo protagonizado por el poder. De 1960 a 1970, bajo los rectorados de Mario Samané y Santiago Agurto, la UNI conoce una profunda transformación que se manifiesta, entre otros aspectos, en un mayor interés por la investigación y la innovación, la incorporación de la especialización en las ciencias formales y naturales, la introducción de la economía y la apertura de ciencias sociales, así como el cultivo del espíritu crítico. De 1970 a 1983, especialmente durante la dictadura militar, la UNI tiene que adecuarse a la nueva legislación universitaria, perdiendo en el camino el impulso de la década anterior y pasando por una larga etapa de crisis institucional, con breves periodos de estabilidad laboral.