Las aduanas también tienen una función de control del comercio ilícito, colaborando en la prevención de actividades delictiva como blanqueo de dinero, comercio ilegal de armas, drogas, suplantación de marcas comerciales, etc. Asimismo, posee herramientas para sancionar prácticas comerciales desleales que llevan a cabo algunos exportadores de países terceros a través de ventas a precios inferiores que los que se aplican en su país o de los gobiernos a través de subvenciones a sus exportadores de forma ilícita según los criterios de la Organización Mundial del Comercio. De igual manera, las aduanas deben controlar que se cumplen medidas de ámbito internacional como embargos a determinados países, sanciones, etc. Una función de gran importancia de las aduanas es la elaboración de estadísticas de comercio exterior, fundamentales para la adopción de medidas económicas por los Estados Miembros y para la elaboración de estrategias de mercado de los operadores de comercio exterior