Finalizando el año de 1816 el sabio Caldas es apresado, con su amigo Francisco Antonio Ulloa, en la hacienda de su familia, localizada en Popayán, por un contingente de gendarmes nativos que servían a las fuerzas realistas. Inician la marcha a Bogotá, donde serán juzgados por atentar contra la corona española. Bajo la vigilancia de Simón Muñoz, antiguo protegido de la familia Caldas, inician, lo que para el Sabio y su amigo será su último recorrido sobre la tierra. Al cabo de unas pocas jornadas un destacamento de soldados españoles les alcanza y deja en manos de Muñoz y de sus alguaciles a tres prisioneros: Candelario Gómez, Hernán Martín y Ramón Altamirano; el viaje lo harán a pie, todos comprometidos en las luchas libertarias que se sucedieron a partir del 20 de julio de 1810. El viaje se convierte en una nueva exploración de la naturaleza; en cada oportunidad que se presenta Caldas la aprovecha para hacer nuevos descubrimientos o para compartir su saber. A los pocos días de arribar a la capital, el 30 de octubre de 1816, Francisco José de Caldas, a los treinta y ocho años de edad, es fusilado por orden del pacificador Pablo Murillo.
"Buen libro, se demoró tres días menos."